《机动战士高达AGE》的故事设定在未来，人类为了寻找新的生存空间而向宇宙移民，建立了多个殖民星球。然而，来自未知宇宙的神秘敌人“弗利坦”突然发动攻击，打破了宇宙的和平。故事围绕着长井家三代人展开。 第一代主角是少年阿斯赛姆·长井，在弗利坦袭击他所在的殖民卫星时，他偶然启动了新型高达“AGE - 1”，并凭借这台机体与弗利坦战斗，逐渐成长为一名优秀的驾驶员。在战斗过程中，他结识了许多伙伴，也经历了友情与爱情的考验。 第二代主角是他的儿子吉欧·长井。此时战争局势发生变化，吉欧面临着父亲留下的高达遗产以及新的战斗使命。他在复杂的局势中挣扎，既要应对弗利坦的威胁，又要处理内部的矛盾与纷争。 第三代主角是阿斯赛姆的孙子尤琳·长井。他所处的时代战争更加残酷，他继承了家族的意志和高达的力量，为了守护重要的人以及宇宙的和平，继续与弗利坦展开最终决战。通过长井家三代人的经历，展现了战争的残酷、人性的光辉以及对和平的不懈追求。