《弹丸论破3 - The End of希望之峰学园 - 绝望篇》围绕希望之峰学园的学生们展开。故事回溯到“人类史上最大最恶的绝望事件”发生之时，揭示了这群学生是如何一步步陷入绝望深渊的过程。 苗木诚的学姐雪染千纱带领着预备学科的学生们，本过着相对平静的校园生活。然而，随着神秘组织“绝望残党”的出现，校园的宁静被打破。江之岛盾子以其高超的洗脑能力和阴谋诡计，将学生们内心的黑暗面一一激发。像七海千秋等学生，原本充满希望与活力，但在绝望的侵蚀下，许多人开始做出违背本心的事情。 学生们之间的信任逐渐崩塌，为了生存和所谓的“希望”，相互猜忌、背叛。每一次的转折都让人揪心，看着曾经善良的面孔变得扭曲，见证着绝望在校园中肆意蔓延，直至希望之峰学园彻底沦为绝望的地狱，让观众深刻感受到绝望的强大与可怕。