《4400 第三季》延续前作故事，围绕 4400 个被外星人带走又神秘回归地球的人展开。汤姆在这一季面临着诸多挑战，他的女儿玛莉再度展现出特殊能力，其能力不仅强大且难以控制，这让汤姆忧心不已。同时，乔丹因妻子莉萨的特殊情况而苦恼，莉萨腹中胎儿的状况神秘莫测，给他们的生活带来了巨大压力。 本季中，4400 人的超能力引发了社会的恐慌与混乱。政府与 4400 人之间的矛盾日益尖锐，一系列冲突不断上演。而 4400 人内部也并非团结一心，有人利用超能力作恶，有人则试图维护和平。此外，神秘组织的出现让局势更加复杂，他们似乎知晓 4400 人背后的秘密，不断在暗处推动着事件的发展。各方势力相互交织，一场关于超能力、生存与未来的较量就此展开。