《初音岛 I II P.S.P. RE - ANIMATED》围绕着主人公朝仓纯一展开。故事发生在拥有不可思议樱花树的初音岛，这棵樱花树永不凋谢，四季常开。朝仓纯一与妹妹朝仓音梦一同生活，他一直默默喜欢着同级生芳乃樱。然而，纯一的生活因一系列事件变得复杂起来。 在学校里，他结识了众多性格各异的女孩，如天枷美春、月岛小恋等。每个人都有着自己的秘密和情感纠葛。纯一在与她们的相处中，不断经历着欢笑与泪水。他要在众多女孩的感情中做出抉择，同时还要面对生活中的各种挑战。 随着剧情发展，纯一逐渐发现了初音岛樱花树背后隐藏的秘密，这个秘密与他和身边的女孩们都有着千丝万缕的联系。整个故事充满了青春的浪漫、友情的温暖以及爱情的甜蜜与苦涩，带领观众走进一个充满奇幻色彩的校园恋爱世界。