《黑死病第一季》将故事背景设定在中世纪欧洲黑死病肆虐的黑暗时期。主角是年轻勇敢的医师阿尔伯特，他所在的小镇突然爆发黑死病，患者们身上出现黑斑、高热、痛苦不堪，死亡人数不断攀升。阿尔伯特不顾自身安危，努力寻找治疗方法，同时还要应对民众的恐慌和迷信。 当地的贵族为了自保，试图封锁消息，甚至驱赶患病的村民。阿尔伯特联合善良的女草药师伊莎贝拉，一起收集草药、研究治疗方案。然而，他们的行动遭到了教会的反对，教会认为这是上帝的惩罚，任何治疗都是违背神意。 在重重困难下，阿尔伯特和伊莎贝拉没有放弃，他们一边与教会周旋，一边救治患者。随着疫情的蔓延，他们发现这场灾难背后似乎隐藏着一个巨大的阴谋，而他们也逐渐卷入了一场危险的斗争之中。