故事发生在《星球大战》系列时间线的较早阶段。银河共和国局势动荡，分离主义势力在贸易联盟首领纽特·冈雷等人带领下蠢蠢欲动，企图脱离共和国。绝地武士团派出欧比旺·克诺比和阿纳金·天行者保护议员帕德梅·阿米达拉，因为她收到了死亡威胁。阿纳金与帕德梅曾有过一面之缘，在相处中，两人旧情复燃，陷入了禁忌之恋。 欧比旺在调查威胁帕德梅的幕后黑手时，追查到了卡米诺星球，发现这里正在秘密为共和国制造克隆人军队。随着调查深入，他发现了分离主义势力的阴谋，以及神秘的西斯尊主达斯·西迪厄斯在背后操控一切。阿纳金则在情感与职责间挣扎，他一方面要保护帕德梅，一方面要听从绝地委员会的命令。最终，克隆人军队投入战斗，共和国与分离主义势力的战争全面爆发，阿纳金也在这场战争中逐渐走向黑暗。