《魔法少女奈叶》围绕普通小学女生高町奈叶展开。某一天，奈叶在公园捡到一只神秘的像小狗一样的生物，它叫尤诺。原来尤诺是为了寻找散落在地球上的魔法书《圣石之种》而来，奈叶被尤诺的遭遇打动，决定帮助它。在尤诺的帮助下，奈叶获得了魔法力量，成为魔法少女。 成为魔法少女后，奈叶结识了同样拥有魔法能力的菲特·泰斯特罗莎。一开始，菲特奉母亲阿露蒂西亚之命收集《圣石之种》，与奈叶等人产生冲突。但在相处过程中，菲特了解到事情的真相，与奈叶化敌为友。 之后，她们又遇到了更多的魔法少女，如维塔、莎玛尔等，大家一起组成团队，共同对抗邪恶势力，保护地球和宇宙的和平。在一次次战斗中，奈叶和伙伴们不断成长，不仅魔法能力得到提升，彼此间的友谊也更加深厚。她们凭借着勇气、智慧和团队协作，一次次化解危机，书写着属于魔法少女们的传奇故事。