《假面骑士Zi-O》以 2018 年为故事起点，高中生常磐庄吾怀揣着成为“平成年代最后一位、也是最伟大的王”的梦想。一次偶然机会，他遇到了来自 2068 年的月读和机械生命体沃兹。沃兹带来了变身腰带，助庄吾成为了假面骑士 Zi-O。此后，庄吾不断遭遇来自不同时间线的敌人，其中就包括企图改变历史的异类骑士们。 在战斗过程中，庄吾可以通过收集平成假面骑士的力量卡片，变身为拥有不同形态和能力的假面骑士。他与月读、沃兹以及后来结识的伙伴们一起，在各个时间点穿梭，阻止异类骑士的阴谋，维护历史的正常发展。随着剧情推进，庄吾逐渐明白“王”的真正含义并非独裁，而是守护与引导。在经历了无数艰难战斗和内心挣扎后，庄吾最终成长为真正伟大的王，成功守护了时间线和人类的未来。