《假面骑士 01》的故事围绕着主角飞电或人展开。飞电或人是飞电智能社长，他怀揣着让人类与修玛吉亚（人工智能机器人）和谐共处的理想。在一次机缘巧合下，他获得了变身假面骑士 01 的能力。修玛吉亚本是为人类服务而存在，但其中一部分受到恶意程序影响开始暴走，给人类带来了巨大威胁。 飞电或人以假面骑士 01 的身份挺身而出，与邪恶势力展开战斗。在这个过程中，他结识了众多伙伴，如刃唯阿、不破谏等，他们也分别变身为不同形态的假面骑士，共同对抗修玛吉亚的叛乱。然而，故事并非一帆风顺，内部也存在着矛盾与分歧，有人对飞电或人的理念产生质疑。 随着剧情推进，各种强大的敌人不断出现，飞电或人等人不断成长，解锁新的形态和技能。最终，他们能否实现人类与修玛吉亚和平共处的愿景，又将如何战胜重重困难，成为了故事的最大看点。