《摩登原始人第二季》继续围绕石器时代的弗林特斯通一家展开趣味故事。弗雷德·弗林特斯通依旧是那个脾气有点暴躁但心地善良的男人，他在石板岩公司上班，工作中状况不断，比如操作原始的机器时总会出些小差错，还常和同事巴尼·鲁布尔一起搞出各种令人啼笑皆非的事情。 在家里，弗雷德要面对妻子威尔玛的唠叨，不过两人感情深厚。女儿佩碧正值青春期，有着自己的小秘密和想法，会因为一些小事和父母闹别扭。邻居鲁布尔一家和弗林特斯通一家关系亲密，两家人经常一起聚会、出游。 这一季中，他们会遭遇各种新奇又充满挑战的事情，比如参加石器时代的运动会，弗雷德和巴尼代表公司参赛，在比赛中状况百出却又努力拼搏；还会经历神秘生物的惊吓，以及参与社区活动时引发的一系列搞笑风波。